Il convento di S. Francesco d’Assisi, fu il primo convento di francescani a Patti, la cui costruzione sarebbe cominciata nel 1222, secondo il Pirri, per opera di S. Antonio di Padova.  Ma poiché la permanenza del Santo in Sicilia durò circa un mese, sembra da escutere che in un così breve lasso di tempo e in precarie condizioni di salute abbia potuto spostarsi da Messina, dove a causa di una violenta tempesta fu costretto ad approdare di ritorno dal Marocco. Altri studiosi ritengono che la costruzione del convento sia da collocare tra il 1223 e il 1225 in occasione di un ritorno del Santo in Sicilia, ma tutti sono concordi nel riportare che fu tale l’avversione di alcuni contro i monaci che, partito il frate per Roma, ciò che di giorno si costruiva, di notte veniva distrutto al punto che, rapportata la cosa ad Antonio, questi avrebbe ottenuto da Gregorio IX° la bolla che minacciava la scomunica ai molestatori. Tuttavia il convento rimase sempre piccolo perché circondato da pubbliche strade. Il vescovo Napoli, dopo i lavori di restauro del 1622, fece scolpire sul portone d’ingresso l’iscrizione ancora esistente: SANCTO ANTONIO PATAVINO FUNDATORI (= A S. Antonio di Padova fondatore). In forza della legge sull’occupazione delle case religiose, il convento fu requisito dal governo nel 1862 e vi fu prima sistemato il Ginnasio appena istituito che, salva una breve interruzione nel 1865 per consentire di alloggiarvi la truppa, vi rimase fino al 1866, quando, per la legge sulla soppressione delle corporazioni religiose, l’intero complesso fu devoluto al demanio dello Stato, solo la chiesa rimase aperta al pubblico e furono designate per abitazione del parroco tre piccole stanze attigue. Negli anni successivi il convento fu utilizzato soprattutto per le scuole elementari (fino al 1930), ma anche per Ginnasio, per le Scuole tecniche, per il Liceo, per le Scuole medie, per l’istituto tecnico commerciale e per geometri, per l’Istituto professionale per l’industria e l’artigianato, per alloggio ai militari, per sede della Pretura. Dall’aprile del 1978, a causa dei danni del terremoto, l’edificio è stato abbandonato. L’annessa chiesa, sotto lo stesso titolo di S. Francesco, rimase aperta al culto grazie al rettore mantenuto dal Comune, secondo l’obbligo imposto nell’atto di cessione del 1867. Danneggiata dai bombardamenti del 1943, all’interno è appena visibile ciò che rimane di qualche antico affresco. Attualmente è chiusa al culto.